עדויות לקיומם של יישובים יהודיים בפוליה קיימות כבר מתקופת האימפריה הרומית, ואולי עוד קודם לכן. על פי המסורת המקומית, היישובים הראשונים, שהם העתיקים ביותר בין יישובי הפזורה היהודית במערב אירופה, הוקמו לאחר חורבן בית שני בירושלים (70 לספירה), ובעקבות גירוש השבויים היהודיים בידי טיטוס. נראה שרבים מהם החליטו להתיישב בערי הנמל הקוסמופוליטיות של פוליה, שם עסקו במסחר במשך מאות שנים, הודות לקשרים שהמשיכו לקיים עם מזרח הים התיכון, וכן במלאכות שונות, כגון תעשיית הטקסטיל, עיבוד עורות, קרמיקה ומטלורגיה. ביישובים שהוקמו בפוליה פעלו ישיבות חשובות, שאליהן הגיעו חכמים יהודים מכל קצות תבל. החכמים שלמדו שם הפיצו את תורתם למרחקים, עד כדי כך שבמאה השתים-עשרה אמרו בצרפת ובגרמניה, בפרפרזה על פסוק מישעיהו, "כי מבארי תצא תורה ודבר ה' מאוטרנטו". שינויים פוליטיים קיצוניים שהתרחשו במאה השלוש-עשרה חוללו משבר בקהילות היהודיות, אך בין המאות הארבע-עשרה והחמש-עשרה הן שבו לפרוח, כאשר קלטו לתוכן גלים חדשים של גולים שנמלטו מרדיפות באזורים אחרים, במיוחד בחצי האי האיברי ובפרובנס. למרות רמת הסובלנות שהשתנתה מעת לעת, הנוכחות היהודית בפוליה נמשכה, וחדלה להתקיים רק במאה השש-עשרה, כאשר הספרדים ששלטו בכל דרום איטליה גירשו את כל היהודים. רבים מבין היהודים העדיפו לנטוש את רכושם ולא לוותר על אמונת אבותיהם, אחרים נכנעו ללחץ השלטונות החדשים והמירו את דתם. בתוך דורות מעטים נמחקו כמעט כל העקבות לנוכחותם בת מאות השנים. בתי כנסת ומבני קהילה נהרסו או הוסבו לכנסיות ולמנזרים; ספרי תורה, כתבי יד מדעיים ומסמכים אחרים הושמדו; חפצי דת הושמדו או נמכרו בזכות הערך שנשאו איתם. המעט ששרד היה המורשת החומרית והזיכרונות שהפליטים הצליחו להביא עמם אל תפוצות אחרות במרכזי המגורים החדשים: ונציה, קורפו, יוון היבשתית, קונסטנטינופול... הפולחן והלשונות של היהודים המקומיים הושפעו, מי יותר ומי פחות, מהמסורות של פוליה. עדויות לכך קיימות עד היום בקורפו, שם הקהילה הנוכחית מכנה את עצמה "אפוליאנית", וגם בסלוניקי, שם היו עד השואה בתי כנסת שנקראו "פוליה הישנה" (Puglia Vecchia), ו"פוליה החדשה" ((Puglia Nuova, ועד 1960 ניתן היה אף לראות את מבנה הקהילה שנקרא "אוטרנטו". לאחר מאות שנים של שכחה, ​​חזרה הנוכחות היהודית להחיות את אזור הים האדריאטי בתקופה שלאחר תום מלחמת העולם השנייה. בתקופה זו הוקמו בפוליה מחנות עקורים, בהם התגוררו ניצולי שואה בדרכם לארץ ישראל. הפליטים הללו, שהשתוקקו לשהות במקום מסביר פנים שבו יוכלו לחזור לחיים נורמליים לאחר האסונות שפקדו אותם, שהו בפוליה, עד שהפליגו מחופיה, לרוב בחשאי, לארץ ישראל. 

מחנות הפליטים
לקראת תום מלחמת העולם השנייה התעורר במערב אירופה הצורך לשכן את היהודים הרבים, ניצולי השואה, שלא רצו, או לא יכלו לחזור לארצות מוצאם. בעלות הברית, בתמיכת UNRRA (סוכנות הסעד והשיקום של האומות המאוחדות), הקימו לשם כך מחנות מעבר, בעיקר בגרמניה, באוסטריה ובאיטליה. במחנות האלה יכלו הפליטים להתאושש לפני יציאתם למסע אל עבר מולדתם. החל מספטמבר 1943, גלים שונים של פליטים יהודים בני לאומים שונים התכנסו לעבר פוליה, שזה עתה שוחררה אך עדיין חשה את תוצאות המלחמה. יהודים איכלסו מחדש, לתקופה קצרה אמנם, את האזור שקיבל את פניהם מאות שנים לפני כן. הלאחר שהותם באיטליה הועברו הפליטים בחשאי לחופי ארץ ישראל. איטליה מילאה תפקיד מרכזי בעלייה זו (שזכתה לכינוי "העפלה"), ולפיכך זכתה לכינוי "השער לציון". באזור הכפרי ליד Gioia del Colle נותר בית חווה גדול שאירח פליטים רבים לאחר המלחמה, והוא מכונה "הבית האדום". מחנות נוספים הוקמו בטראני, בברלטה ובבארי. בסלנטו בחרו בעלות הברית אתרי נופש על חוף הים ושיכנו בהם את העקורים: סנטה מריה אל באניו (מחנה 34), סנטה מריה די לאוקה (מחנה 35), סנטה צ'זריאה טרמה (מחנה 36) וטריקזה פורטו (מחנה 39). המחנות, שהוקמו ברובם בווילות ששימשו כבתי קיץ של בני המעמד הגבוה, פעלו עד 1947, וחלקם המשיך להתקיים עד 1948, מועד הקמתה של מדינת ישראל. זיכרונותיהם של הפליטים וקבלת הפנים החמה שזכו לה מאת האוכלוסייה המקומית עומדים במרכז הסיפור המוצג במוזיאון האירוח והזיכרון בסנטה מריה אל באניו. במוזיאון מוצגים גם כמה ציורי קיר שצוירו ב-1946 בידי צייר יהודי ממוצא רומני, ששהה במחנה המקומי. מחופי פוליה הצליחו סוף סוף צאצאיהם של הגולים הקדומים מארץ ישראל לחזור לארצם העתיקה כבני חורין.